微生物学检验科于2002年从检验科分设独立，现有专业技术人员11人，主要承担传染病和健康相关因素的检测与监测，开展传染病、食物中毒等突发公共卫生事件的病原微生物应急检验。科室下设卫生微生物实验室、病原微生物实验室、艾滋病实验室、病毒实验室、分子生物学实验室和麻疹实验室。

微生物检验科分子生物学实验室于2020年2月被湖南省批准为新型冠状病毒检测实验室，新冠疫情发生以来一直承担着全市的疫情相关新冠病毒检测和县区检验人员的现场培训工作。在第二季度里，分子生物学实验室共完成6715份新冠病毒标本检测工作。北京疫情疫情发生以后，实验室人员参与了海鲜市场和肉类冷冻食品的应急采样和检测，6月30号以前共完成740份样品的检测工作。根据上级要求，微生物检验科5月份对县区疾控的检验人员进行了新冠病毒检测的实验室现场培训，各县区共有24名学员参加了培训。在应对新冠疫情的同时，微生物检验科其他实验室也在及时完成流感人禽流感、手足口病、狂犬病、食品安全、水质监测等相关的实验室检测工作。